Die Geschichte des Medizinischen Fakultätentages wurde stark von den jeweils vorherrschenden politischen Verhältnissen geprägt.
Gründung 1913
Der Medizinische Fakultätentag wurde am 4. Januar 1913 in Halle (Saale) gegründet. In dem neuen Verein war jede Medizinische Fakultät in Deutschland durch einen Delegierten offiziell vertreten. Bereits damals legte man die unabhängige Handlungsfähigkeit des Medizinischen Fakultätentages fest. Dafür sollten Beschlüsse nach abschließenden Beratungen durch eigens eingesetzte Kommissionen den Fakultäten kenntlich gemacht und anschließend politischen Organen bekannt gegeben werden.
Professionalisierung ab 2008
Im Zuge der Professionalisierung des Medizinischen Fakultätentages wurde die Interessenvertretung ab 2008 zentral organisiert und effektiver gestaltet: Mit der Einrichtung einer ständigen Geschäftsstelle in Berlin, in der ein hauptamtlicher Generalsekretär und weitere Mitarbeiter beschäftigt sind.
Im Sommer 2011 traten medizinische Ausbildungs- und Forschungsstätten aus Österreich, der Schweiz und den Niederlanden dem MFT als assoziierte Mitglieder bei.
